单独计算个人所得税是指由纳税人按照税法规定自行计算其个人所得税，也称为股权激励纳税方式。单独计税原则上应用于资本市场具有自主股权的上市公司员工。
综合计算个人所得税是指将纳税人各项应税所得合并后，按照税法规定的综合税率计算；也称为一般所得纳税方式。简单来说，综合所得就是不限于工资薪金所得的各种所得合计后形成的总额，将此总额作为计征税所得。
从适用的范围上来看，单独计税主要用在股权激励方面，而综合计税主要是在个人综合收入达到规定标准时适用。从计税方式上来看，单独计税有自主性，灵活性强，可以让缴税者有一定的自主性选择，灵活的制定适合自己的个税计划；而综合计税却没有这样的自由裁量权，更具备规范性，对于非高收入人群会有更多的减免政策，降低了税收负担。
总的来说，单独计税适用于股权激励方面，相对来说更加复杂，适用于高端职业人士；综合计税更加简单易懂，适用于大多数人。
